国立研究開発法人理化学研究所 生命医科学研究センター(仮称) 融合領域リーダー育成プログラム 代謝エピジェネティクスYCI ラボ 特別研究員募集

2017/11/25 (キャリア情報)

【募集研究室】
理化学研究所(横浜支部) 生命医科学研究センター 代謝エピジェネティクスYCI ラボ
Young Chief Investigator(YCI)井上 梓

【募集職種、募集人数及び職務内容】

募集職種・募集人数:
特別研究員 1 名
職務内容:
上記研究室の概要に記載した研究を遂行するため、RNA-seq, ChIP-seq, DNA メチローム, ATAC-seq等の統合的な解析、および顕微操作や分子実験を行う。

※ご本人の希望に応じて、(i) 井上研専任の研究員、あるいは、(ii) 井上研と古関明彦研のジョイント研究員として採用することが可能です。これらに待遇の違いはありませんが、井上研専任の場合はエフォートの半分をウェット実験に割くことができます。ご質問等、井上まで遠慮なくお問い合わせください。

〔研究室を主宰するYCI について〕
これまでに、受精卵におけるDNA の脱メチル化機構(1-5)、雄性クロマチンのリモデリング機構(6)、クロマチン構造の発生動態(7)、母性ヒストンによるインプリンティング機構の発見(8, 9)などの成果をあげてきました。生物モデルとしての受精卵のユニークな特性を生かし、顕微操作技術 (3-9)と独自に確立した母性タンパク質ノックダウン法 (6, 10) および最先端の少数細胞クロマチン解析技術 (4, 7-9) を組み合わせることで、当該分野をリードしています。今後は母性ヒストンによるインプリンティング研究を展開し独自の世界を築きます。そして世代を跨いだ代謝疾患のエピジェネティクス遺伝機構に挑戦します。

*主な業績*
Google scholar: https://scholar.google.com/citations?user=qtZOfZIAAAAJ&hl=ja&scioq=
1. Inoue and Zhang, 2011 Science 334(6053):194.
2. Inoue et al., 2011 Cell Research 21(12):1670-6.
3. Inoue et al., 2012 Cell Research 22(12):1640-9.
4. Shen*, Inoue* et al., 2014 Cell Stem Cell 15, 459-70.
5. Inoue et al., 2015 Cell Reports 10(4), 463-70.
6. Inoue and Zhang, 2014 Nature Struct Mol Biol 21, 609-16.
7. Lu*, Liu*, Inoue* et al., 2016 Cell 165(6), 1375-88.
8. Inoue et al., 2017 Nature 547(7664), 419-24.
9. Inoue et al., 2017 Genes Dev. 31(19) 1927-32.
10. Inoue et al., 2014 Protocol Exchange doi:10.1038/protex.2014.024

〔本公募の狙い〕
受精卵研究は、生殖医療・再生医療・畜産などの幅広い応用分野に密接に関連し、社会的にも重要な研究対象でありながら、その技術的な敷居の高さや方法論の希少さなどの理由により多くの重要な疑問が未解明で残されています。しかし近年の少数細胞・単一細胞の解析技術の革新に伴い、当該分野においてビッグデータが蓄積し始めています。この機運を利用して当該分野にブレークスルーを起こすには、受精卵の操作・解析技術に長けた研究者と、情報解析の専門家が密に連携することが必須です。私と共にこの分野を開拓する気概のあるパートナーを探しています。

〔こんな方にオススメ〕
・情報解析手法は身につけたけれど、どの生命科学分野で生きてゆくか、どの生物モデルを使うかなど長期ビジョンに悩んでいる方
・将来の独立に向けた準備をしたい方

【応募資格】
・バイオインフォマティクスに精通した博士号取得後3 年以内の者。取得見込み者も応募可。
(バイオインフォマティクス以外のバックグラウンドは不問。3 年以上の方は応相談。)
・上記、「研究室の概要」に記載する研究内容や職務内容を遂行するために相応しい知識、経験、実績を有しており、研究に意欲的・主体的に取り組める方。顕微操作や分子実験の経験は不問です。
・コミュニケーション能力があり、研究室内外の関係者と連携、協調して業務に遂行できること。

【着任時期】
2018 年4 月1 日以降(応相談)

【公募案内】
http://www.riken.jp/careers/researchers/20171122_7/

【問合せ先・書類送付先】

【書類送付先・応募に関する問い合わせ】
国立研究開発法人理化学研究所 横浜事業所
研究支援部 統合生命医科学研究センター採用担当
Email: IMS-recruit[at]riken.jp ※[at]は@に置き換えてください。

【研究内容に関する問い合わせ】
井上 梓
Email: azusa.inoue[at]riken.jp ※[at]は@に置き換えてください。

[Postdoctoral fellow position available at RIKEN in Japan]

A postdoctoral fellow position is available in a new laboratory, Azusa Inoue’s Lab. The lab studies mechanisms and functions of epigenetic reprogramming in mammalian early embryos.The lab is located at RIKEN Center for Integrative Medical Sciences (IMS) at Yokohama, Japan.We are seeking a Ph.D (or candidate) with strong bioinformatics background.

We are looking for a person who meets the qualification below;
• Ph.D. (or candidate) with excellent bioinformatics skills, such as integrated data
analyses for RNA-seq, ChIP-seq, DNA methylome, and ATAC-seq data sets, etc
• Person with self-motivation and written/oral communication skills
• Genome or epigenome biology background are preferred, but not required

[Inoue’s research]
I have been interested in epigenetic regulations and functions in mammalian oocytes and preimplantation embryos in which the epigenetic landscape is drastically reprogrammed at genome wide. In the past, I have studied the mechanism of paternal DNA demethylation (1-5), the mechanism and function of paternal nucleosome assembly (6), the developmental dynamics of accessible chromatin structures (7), and discovered a new genomic imprinting mechanism mediated by maternal histone methylation (8, 9). I integrate oocyte/embryo micromanipulation techniques (3-10), maternal protein depletion system (6, 10), and low-input cutting-edge chromatin analysis technologies (4, 7-9). In the future, I will study the mechanisms and functions of histone-dependent genomic imprinting and transgenerational epigenetic inheritance.

*References
1. Inoue and Zhang, 2011 Science 334(6053):194.
2. Inoue et al., 2011 Cell Research 21(12):1670-6.
3. Inoue et al., 2012 Cell Research 22(12):1640-9.
4. Shen*, Inoue* (co-first) et al., 2014 Cell Stem Cell 15, 459-70.
5. Inoue et al., 2015 Cell Reports 10(4), 463-70.
6. Inoue and Zhang, 2014 Nature Struct Mol Biol 21, 609-16.
7. Lu*, Liu*, Inoue* (co-first) et al., 2016 Cell 165(6), 1375-88.
8. Inoue et al., 2017 Nature 547(7664), 419-24.
BioArt (Chinese): http://mp.weixin.qq.com/s/TI2Pgdl8YDKzyYpZN7AYGg
HHMI (English): http://www.hhmi.org/news/scientists-identify-new-way-cells-turn-genes
9. Inoue et al., 2017 Genes Dev. 31(19) 1927-32.
10. Inoue et al., 2014 Protocol Exchage doi:10.1038/protex.2014.024

[Inoue’s carrier]
2011 Ph.D. at University of Tokyo, Japan
2011-12 Postdoc at Yi Zhang lab in University of North Carolina at Chapel Hill, USA
2012-15 Postdoc at Yi Zhang lab in Harvard Medical School/Boston Children’s Hospital
2015-18 Research Specialist at Yi Zhang lab/HHMI
2018- Young Chief Investigator at RIKEN IMS, Yokohama, Japan

[The purpose of this recruitment]
Recent innovations have made it possible to profile epigenetic modifications at a single locus level in rare biological samples, such as mammalian oocytes and preimplantation embryos. More and more NGS data will be accumulated in this field in the next years. The following main stream will definitely be ‘manipulation’ of the epigenome to understand its biological functions. To materialize this, embryologists and bioinformaticians have to cooperate more closely. Since this field has far-reaching impacts on human society and medical sciences including artificial reproductive technologies, regenerative medicine, and agriculture, it will become a more attractive content in the near future. I am seeking my research partner with high motivation and strong bioinformatic skills. If a successful candidate desires, I am happy to teach wet experiments including micromanipulation techniques and cutting-edge chromatin technologies so he/she prepares for establishing their own labs.

[Terms of contract]
1. One-year fixed-term employment contract, renewable based on evaluation, up to three
years since the initial date of hire. The period may be extended depending on the
budget situation, etc.
2. Salary is determined annually on the basis of the employee's experience, abilities and
research results. Commuting and housing allowances will be provided in accordance
with RIKEN regulations and social insurance applies (health insurance, pension
insurance, worker's accident compensation insurance, unemployment insurance, etc.).
Mandatory membership in the RIKEN Mutual Benefit Society (RIKEN Kyosaikai).
3. Holidays: Saturdays and Sundays, Japanese national holidays, New Year holidays
(Dec.29-Jan.3), and RIKEN Foundation Day (4th Monday in October).

[Location]
RIKEN Center for Integrative Medical Sciences (IMS)
1-7-22 Suehiro-cho, Tsurumi-ku, Yokohama, Kanagawa, 230-0045, Japan
http://www.ims.riken.jp/english/about/access.php

[Application deadline]
Until the position is filled
[Start of employment]
As early as Apr 1st, 2018 (Negotiable)

[Application]
Please send a cover letter and your CV with a photograph and a publication list to Inoue
(azusa.inoue [at] childrens.harvard.edu) by e-mail. Please write all documents in English or
Japanese.

[Selection process]
Skype interview after document screening.
We will offer a brief bioinformatic skill test for successful candidates of the Skype interview.
The result will be informed by e-mail.

[Contact information]
Azusa Inoue
azusa.inoue [at] childrens.harvard.edu or azusa.inoue [at] riken.jp
*Replace [at] to @

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